Getragen wird die Initiative vom Verein „Mit Kindern Wachsen“, dessen Mitglieder sich aus der Elternschaft und dem Begleiterteam zusammensetzt.
Die Lernwerkstatt wurde 1990 von einigen Familien rund um den Rechtsanwalt und Visionär Markus Distelberger in Herzogenburg gegründet. Im Jahr 1998 übersiedelte die Schule an ihren jetzigen Standort: das Wasserschloss in Pottenbrunn, wo den rund 100 SchülerInnen 1.200 m2 für ihre Aktivitäten zur Verfügung stehen.
1999 wurde das Öffentlichkeitsrecht erwirkt. Ein wichtiger Motor ist die jährliche Klausur in Istrien, die beinahe seit Gründung der Lernwerkstatt in der letzten Augustwoche auf einem Campingplatz abgehalten wird. In dieser Woche kommen Familien und Begleiter zusammen, um das folgende Schuljahr zu planen, wichtige Entscheidungen zu treffen, aber auch die Gemeinschaft zu pflegen. Oft finden sich in Istrien auch ehemalige Lernwerkstättler und deren Familien ein.
Der Verein organisiert sich in 6 verschiedenen Arbeitskreisen, denen die Eltern angehören. Diese wählen eine/n SprecherIn. Die SprecherInnen bilden dann den Vorstand des Vereins, der auch die Organisation des laufenden Geschäfts übernimmt. Die pädagogische Leitung liegt bei dem vom Betreuerteam gewählten Schulsprecher.
Lehrkräfte, die Schulmaterialien, Gebäudekosten werden durch Schulgeld und durch kulturelle und pädagogische Aktivitäten sowie durch Sponsoring finanziert. Etwa 5% trägt die öffentliche Hand an Zuschüssen am Schulbudget bei.
